Es la etapa que remata la educación obligatoria en España. Comprende de los 12 a los 16 años. Son cuatro cursos, divididos en dos ciclos de 2 cursos cada uno. Es el tiempo de descubrir y de afianzar en los alumnos su capacidad de aprendizaje.

También en E.S.O. se aplican los principios metodológicos que pide el Manual Pedagógico de los Colegios de la Fundación Educativa Jesuitinas.

La inteligencia espiritual se trabaja de diversas formas en los niveles de E.S.O. Entre ellas encontramos el Taller de Oración y las Convivencias por clase.